R�g�szeti becsl�sek szerint a fajta eredete �gy 6-8 ezer �vvel ezel�ttre tehet� helyileg, pedig a Sinai f�lszigetre, ami a M�zes hegy l�b�n�l ter�l el. Afganiszt�nban nemzeti kutyak�nt is tekintik, helyi bennsz�l�ttek azt �ll�tj�k, hogy az �z�nv�z idej�n, az Afg�n Ag�r k�pviselte a kuty�k igen nagy nemzetts�g�t No� b�rk�j�n.

Alapvet�en haz�j�ban k�t t�pust k�l�nb�ztetnek meg, az �szaki Balkh tartom�ny kuty�it, ami az �gynevezett hegyi t�pus, �s a d�lieket, a sivatagi t�pust. Az �szaki tartom�ny kuty�i testfel�p�t�sre nem k�l�nb�z�tt a d�li t�pus� kuty�kt�l csak a k�ltakar� alkalmazkodott az �ghajlati viszonyokhoz, b�r �les elhat�rol�d�s igaz�b�l nincs.
Afganiszt�nban e fajta, mint vad�sz j�tszott kiemelked� szerepet. Nom�d t�rzsek sivatagi v�ndorl�saik sor�n igencsak elemi c�lokra haszn�lt�k, �lelemszerz�s �s a t�borok v�delme volt a legfontosabb feladatuk. Ezek a kuty�k megtanult�k, hogy sem, megenni sem meg�lni nem szabad, csak megfogj�k a zs�km�nyt, majd azt �tengedik az embernek, hogy az �lje le a vadat, mivel az iszl�m vall�s szerint csak a m�sz�rolt h�s fogyaszthat�. E nagy intelligenci�j� csod�latos kutya eur�pai elterjed�s�ben, Anglia K�zel-Keleten folytatott h�bor�i valamint a II. vil�gh�bor� j�tszott f�bb szerepet. A fajta modern t�rt�nete Angli�ban kezd�d�tt 1900-as �vek elej�n. Az els� Afganiszt�nb�l import�lt agarak is k�t r�szre oszt�dtak a m�r eml�tett hegyi �s a sivatagi v�ltozatra. E k�t t�pus eur�pai megjelen�s�vel el�g zavaros lett a helyzet, mindk�t f�l k�pvisel�i azt �ll�tott�k, hogy a m�sik t�pus nem is igazi afg�n ag�r. Hamarosan azonban elkezdt�k egym�ssal teny�szteni �ket, �s megpr�b�lt�k a j� tulajdons�gaikat egyes�teni.