Régészeti becslések szerint a fajta eredete úgy 6-8 ezer évvel ezelőttre tehető helyileg, pedig a Sinai félszigetre, ami a Mózes hegy lábánál terül el. Afganisztánban nemzeti kutyaként is tekintik, helyi bennszülöttek azt állítják, hogy az özönvíz idején, az Afgán Agár képviselte a kutyák igen nagy nemzettségét Noé bárkáján.

Alapvetően hazájában két típust különböztetnek meg, az északi Balkh tartomány kutyáit, ami az úgynevezett hegyi típus, és a délieket, a sivatagi típust. Az északi tartomány kutyái testfelépítésre nem különbözött a déli típusú kutyáktól csak a kültakaró alkalmazkodott az éghajlati viszonyokhoz, bár éles elhatárolódás igazából nincs.
Afganisztánban e fajta, mint vadász játszott kiemelkedő szerepet. Nomád törzsek sivatagi vándorlásaik során igencsak elemi célokra használták, élelemszerzés és a táborok védelme volt a legfontosabb feladatuk. Ezek a kutyák megtanulták, hogy sem, megenni sem megölni nem szabad, csak megfogják a zsákmányt, majd azt átengedik az embernek, hogy az ölje le a vadat, mivel az iszlám vallás szerint csak a mészárolt hús fogyasztható. E nagy intelligenciájú csodálatos kutya európai elterjedésében, Anglia Közel-Keleten folytatott háborúi valamint a II. világháború játszott főbb szerepet. A fajta modern története Angliában kezdődött 1900-as évek elején. Az első Afganisztánból importált agarak is két részre osztódtak a már említett hegyi és a sivatagi változatra. E két típus európai megjelenésével elég zavaros lett a helyzet, mindkét fél képviselői azt állították, hogy a másik típus nem is igazi afgán agár. Hamarosan azonban elkezdték egymással tenyészteni őket, és megpróbálták a jó tulajdonságaikat egyesíteni.